Ο Νίκος Σκαλκώτας εγκαθίσταται στο Βερολίνο για να συνεχίσει τις σπουδές του στο βιολί στην Hοchschule für Music με τον Willy Hess, ο οποίος τον παρουσιάζει σε συναυλίες ως τον καλύτερο μαθητή του. Το 1924, χάρη σε υποτροφία του Μανόλη Μπενάκη γράφεται στην τάξη σύνθεσης του Paul Kahn στην ίδια σχολή. Το Σεπτέμβριο του 1927 γίνεται μαθητής του Arnold Schönberg στην τάξη επιλέκτων μαθητών (master class) της Akademie der Künste (Ακαδημίας Καλών Τεχνών). Σπούδασε μαζί του σύνθεση μέχρι το 1931 και κράτησε επαφή μαζί του μέχρι το 1933, όταν και οι δύο αποχώρησαν οριστικά από το Βερολίνο. Ήταν ένας συνθέτης που έχαιρε της εκτίμησης των πιο προοδευτικών μουσικών κύκλων του Βερολίνου. Ο ίδιος ο Schönberg, αν και πάντα φειδωλός στις κρίσεις του, είχε αναφέρει: «Η αυστηρότητα των απαιτήσεών μου είναι ο λόγος που, από τις εκατοντάδες των μαθητών μου, λίγοι μόνο έγιναν συνθέτες: ο Άντον φον Βέμπερ, ο Άλμπαν Μπεργκ, ο Χανς Άισλερ, ο Καρλ Ρανκλ, ο Βίνφρηντ Τσίλιχ, ο Ρομπέρτο Γκέρχαρντ, ο Νίκος Σκαλκώτας, ο Νόρμπερτ φον Χάνενχαϊμ, ο Γκέρχαρντ Στράνγκ, ο Άντολγ Βάις. [...] όλοι μου οι μαθητές διαφέρουν εξαιρετικά μεταξύ τους και, παρόλο που ίσως στην πλειονότητά τους συνθέτουν δωδεκάφθογγη μουσική, δεν θα μπορούσε να μιλήσει κανείς περί σχολής. Όλοι έπρεπε να βρουν το δρόμο, μόνοι τους για τον εαυτό τους [...]».